在我們選擇熒(ying)光蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白時(shi)，首(shou)要考慮(lv)(lv)的(de)是(shi)熒(ying)光蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白的(de)聚合性質，即是(shi)否(fou)會影響(xiang)目的(de)蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白的(de)功能及(ji)定位(wei)，其次(ci)是(shi)熒(ying)光蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白的(de) PK 值(zhi)是(shi)否(fou)與目的(de)蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白所處的(de)環境(jing)的(de) pH 值(zhi)相匹配，然后是(shi)熒(ying)光蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白的(de)成(cheng)熟時(shi)間以及(ji)目的(de)蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白的(de)壽命，綜合兩者(zhe)決定熒(ying)光蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白是(shi)否(fou)合適(shi)，zui后考慮(lv)(lv)熒(ying)光蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白的(de)光穩定性、密碼子偏好(hao)性是(shi)否(fou)合適(shi)，zui后考慮(lv)(lv)目的(de)蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白放的(de)位(wei)置(zhi)，熒(ying)光蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白是(shi)否(fou)會影響(xiang)目的(de)蛋(dan)(dan)(dan)(dan)白的(de)功能及(ji)定位(wei)。

發光原理：
GFP的(de)第(di)(di)(di)65至(zhi)67位(wei)的(de)三個(ge)氨(an)(an)(an)基(ji)(ji)酸(suan)(suan)（絲氨(an)(an)(an)酸(suan)(suan)-酪氨(an)(an)(an)酸(suan)(suan)-甘氨(an)(an)(an)酸(suan)(suan)）殘(can)基(ji)(ji)，可自(zi)(zi)發(fa)(fa)地(di)形(xing)成(cheng)(cheng)(cheng)一(yi)種熒光(guang)(guang)發(fa)(fa)色(se)團。當(dang)蛋(dan)白(bai)質鏈折疊時(shi)，這(zhe)段被深埋在(zai)蛋(dan)白(bai)質內(nei)部的(de)氨(an)(an)(an)基(ji)(ji)酸(suan)(suan)片段，得以“親密接(jie)觸"，導(dao)致經環化形(xing)成(cheng)(cheng)(cheng)咪(mi)唑(zuo)(zuo)酮(tong)，并發(fa)(fa)生(sheng)脫(tuo)水(shui)反(fan)應。在(zai)分子(zi)氧存在(zai)的(de)條件下，發(fa)(fa)色(se)團可進一(yi)步(bu)發(fa)(fa)生(sheng)氧化脫(tuo)氫，zui終(zhong)成(cheng)(cheng)(cheng)熟(shu)，形(xing)成(cheng)(cheng)(cheng)可發(fa)(fa)射熒光(guang)(guang)的(de)形(xing)式。具(ju)體(ti)過程為：在(zai) O2存在(zai)下，GFP分子(zi)內(nei)第(di)(di)(di)67位(wei)甘氨(an)(an)(an)酸(suan)(suan)的(de)酰(xian)胺對(dui)第(di)(di)(di)65位(wei)絲氨(an)(an)(an)酸(suan)(suan)的(de)羧基(ji)(ji)進行親核(he)攻擊，形(xing)成(cheng)(cheng)(cheng)第(di)(di)(di)5位(wei)碳原(yuan)子(zi)咪(mi)唑(zuo)(zuo)基(ji)(ji)；第(di)(di)(di)66位(wei)酪氨(an)(an)(an)酸(suan)(suan)的(de)α2β鍵脫(tuo)氫反(fan)應之后，導(dao)致芳香團與咪(mi)唑(zuo)(zuo)基(ji)(ji)結合，并zui終(zhong)自(zi)(zi)發(fa)(fa)催化形(xing)成(cheng)(cheng)(cheng)對(dui)羥基(ji)(ji)苯甲酸(suan)(suan)咪(mi)唑(zuo)(zuo)環酮(tong)生(sheng)色(se)。

GFP需要在氧(yang)化狀態下(xia)產生熒(ying)光(guang)，強(qiang)還原劑能(neng)使GFP轉(zhuan)變為非熒(ying)光(guang)形(xing)式，但一(yi)旦(dan)重新暴露在空氣或(huo)氧(yang)氣中，GFP熒(ying)光(guang)便立即得到(dao)恢復。一(yi)般來說弱還原劑并(bing)不(bu)會影響(xiang)GFP熒(ying)光(guang)，中度氧(yang)化劑如生物材料的固定，脫水劑戊二酸(suan)或(huo)甲(jia)醛(quan)等對GFP熒(ying)光(guang)影響(xiang)也不(bu)大。

發光特性：
GFP吸收(shou)(shou)的光(guang)(guang)(guang)(guang)譜zui大峰(feng)值(zhi)為(wei)(wei)395nm（紫外），并有(you)(you)一個(ge)峰(feng)值(zhi)為(wei)(wei)470nm的副(fu)吸收(shou)(shou)峰(feng)（藍(lan)光(guang)(guang)(guang)(guang)）；發射光(guang)(guang)(guang)(guang)譜zui大峰(feng)值(zhi)為(wei)(wei)509nm（綠(lv)光(guang)(guang)(guang)(guang)），并帶有(you)(you)峰(feng)值(zhi)為(wei)(wei)540nm的側(ce)峰(feng)（Shouder）。雖然450～490nm只是GFP的副(fu)吸收(shou)(shou)峰(feng)，但由(you)于該(gai)激發光(guang)(guang)(guang)(guang)對細胞(bao)的傷害更(geng)小，因此(ci)(ci)(ci)(ci)通(tong)常(chang)多使(shi)用(yong)(yong)該(gai)波(bo)段光(guang)(guang)(guang)(guang)源（多為(wei)(wei)488nm）。此(ci)(ci)(ci)(ci)外，GFP的光(guang)(guang)(guang)(guang)譜特性(xing)與(yu)熒(ying)(ying)光(guang)(guang)(guang)(guang)素異硫氰(qing)酸鹽（FITC）很相似，兩者通(tong)常(chang)共有(you)(you)一套(tao)濾光(guang)(guang)(guang)(guang)片。GFP熒(ying)(ying)光(guang)(guang)(guang)(guang)極其穩定，在激發光(guang)(guang)(guang)(guang)照(zhao)射下，GFP抗光(guang)(guang)(guang)(guang)漂白(bai)（Photobleaching）能力比熒(ying)(ying)光(guang)(guang)(guang)(guang)素強，特別是在450～490nm藍(lan)光(guang)(guang)(guang)(guang)波(bo)長下更(geng)穩定。類似的，GFP融(rong)合蛋白(bai)的熒(ying)(ying)光(guang)(guang)(guang)(guang)靈敏度遠比熒(ying)(ying)光(guang)(guang)(guang)(guang)素標記的熒(ying)(ying)光(guang)(guang)(guang)(guang)抗體高，抗光(guang)(guang)(guang)(guang)漂白(bai)能力強，因此(ci)(ci)(ci)(ci)更(geng)適(shi)用(yong)(yong)于定量測定與(yu)分析。由(you)于GFP熒(ying)(ying)光(guang)(guang)(guang)(guang)的產(chan)生不需要任(ren)何(he)外源反應(ying)底物(wu)，因此(ci)(ci)(ci)(ci)GFP作為(wei)(wei)一種廣泛(fan)應(ying)用(yong)(yong)的活(huo)體報(bao)告蛋白(bai)，其作用(yong)(yong)是任(ren)何(he)其它酶(mei)類報(bao)告蛋白(bai)的。但因為(wei)(wei)GFP不是酶(mei)，熒(ying)(ying)光(guang)(guang)(guang)(guang)信號沒(mei)有(you)(you)酶(mei)學放大效果(guo)，因此(ci)(ci)(ci)(ci)GFP靈敏度可能低于某些酶(mei)類報(bao)告蛋白(bai)，比如螢火蟲熒(ying)(ying)光(guang)(guang)(guang)(guang)素酶(mei)等